O objetivo principal é estudar as rotas migratórias das principais espécies de peixes migradores bem como subsidiar futuros programas de preservação e manejo dessas espécies.

Busca também detectar e avaliar os impactos de empreendimentos hidrelétricos sobre as principais espécies de peixes migradores.

Após a captura pelos pescadores, os peixes coletados são submetidos à marcação pela equipe do Instituto Goio-En.

Os exemplares capturados, em boas condições físicas,  são colocados em banho de anestésico, medidos (comprimentos total e padrão), pesados e marcados. A marca LEA consiste em uma marca plástica, onde há uma mensagem impressa. Cada marca, fixada na base do opérculo do peixe com o auxílio de uma agulha, cujo fio é enrolado nas extremidades, evitando a perda, possui uma numeração única, que fica exposta para leitura.

Após o processo de marcação, os peixes são colocados em água corrente até retomar os movimentos operculares normais e depois soltos no rio.  A recaptura dos exemplares se dá de duas maneiras: coletas pelos próprios pesquisadores e coletas pelos pescadores da bacia. Os pescadores que devolvem as marcas recebem kits com brindes.

A realização dessa atividade possibilita avaliar a ictiofauna quanto ao estado de conservação, definindo limites de criticidade para manutenção das comunidades, identificar e avaliar os locais de reprodução, desova e criadouros das espécies migratórias. Além disso, são identificadas eventuais rotas migratórias utilizadas pelos grandes migradores e caracterizado o impacto da perda das rotas sobre a ictiofauna.

Todos os dados obtidos durante o processo estão contidos em relatório que descreve o total de peixes capturados, marcados, assim como a descrição dos pontos de registro.